Stefan Behrendt stammt aus Düsseldorf. Er absolvierte die w.i.w. Akademie von Tom Stromberg und Peter Zadek und studierte anschließend Angewandte Theaterwissenschaft in Gießen. Von 2001 bis 2005 war er als Regieassistent am Deutschen Theater Berlin engagiert. Im Mousonturm Frankfurt erarbeitete der Regisseur Verkommenes Ufer von Heiner Müller als Teil des Performance Projekts 3xMüller und wurde damit 2009 zum Körber-Studio Junge Regie (Thalia in der Gaußstraße, Hamburg) eingeladen. Weitere Regiearbeiten führten Stefan Behrendt an das Deutsche Theater Berlin, zum Schauspiel Leipzig, an das Maxim Gorki Theater sowie an das Ballhaus Ost Berlin und das Landestheater Coburg.
Mit der T.3-Produktion Ein Schaf fürs Leben stellte sich Stefan Behrendt in der Spielzeit 2011/12 dem Lüneburger Publikum erstmals als Regisseur vor. In den folgenden Spielzeiten inszenierte er Die Physiker; Die Katze auf dem heißen Blechdach, Leonce und Lena, Ronja Räubertochter und Bekenntnisse des Hochstaplers Felix Krull.
In der Spielzeit 2017/2018 inszeniert er