Thomas Pfeffer absolvierte seine Ausbildung an der Akademie des Tanzes, die zu der Staatlichen Hochschule für Musik in Heidelberg/Mannheim gehört. Nach seinem Abschluss im Jahr 1988 führten ihn erste Engagements nach Koblenz, Brühl und Münster.1989 gastierte der Tänzer erstmals am Theater Lüneburg. Ab 1990 folgte ein Festengagement in der Hansestadt, von 1998 bis 2005 tanzte er als erster Solist im Ballettensemble. Anschließend folgte eine Anstellung als Regieassistent im Schauspiel. Bis 2010 wirkte er weiterhin beim großen Ballettabend mit. Nebenbei choreographiert er zudem für diverse T.NT-Produktionen.